一个更新的分子工具包,用于基因组学辅助育种色[Sorghum bicolor (L.) Moench]

科学领域:

• 植物遗传学和育种.
• 分子生物学分子生物学
• 农业科学 农业科学

背景情况:

• 马颗粒结合粉合成 (GBSS) 基因的突变,称为Waxy (Wx),导致低粉粉,改善了各种应用的消化能力.
• 糖的传统基因型鉴定方法与高通量下一代测序 (NGS) 不兼容,阻碍了高效的育种计划.
• 开发糖等位基因的分子标记 (Wx,wx^a,wx^b) 对于推进标记辅助和基因组选择至关重要.

研究的目的:

• 开发新的NGS和功能性的PACE-PCR标记物,用于常用的糖合基因.
• 描述wx^a等位基因的遗传基础,包括对因果插入的测序.
• 为了在育种计划中验证这些标记物,以改善糖杂交的发展.

主要方法:

• 在使用B.Tx623参考基因组的wx^a等位基因组的in silico组合.
• 开发和应用下一代测序 (NGS) 标记器用于Waxy基因基因定型.
• 在隔离人群中设计和验证Wx,wx^a和wx^b等位基因的功能PACE-PCR标记物.

主要成果:

• 这项研究提供了首个发表的NGS标记物,用于黄等位基因.
• 测序揭示了~5kb的LTR逆转移子插入作为wx^a等位基因的原因.
• in silico wx^a组件增强了读取映射,并通过短读数测序启用了Waxy基因型歧视.
• 经过验证的PACE-PCR标记器促进了糖的标记器辅助和基因组选择.

结论:

• 新的NGS和PACE-PCR标记物显著提高了杂育种的效率.
• 这些分子工具对于通过基因组学辅助方法开发商业杂交至关重要.
• 开发的资源提供了一个全面的工具包,可以加速的遗传改进.