在BRAF改变的质瘤中具有挑战性的CDKN2A评估:从一个富含pleomorphic xanthoastrocytoma的队列中吸取经验教训

科学领域:

• 神经瘤学神经瘤学
• 分子诊断学 分子诊断学
• 遗传学 是一个遗传学.

背景情况:

• 准确检测CDKN2A的同卵性缺失 (HD) 在BRAF改变的质瘤中对于诊断和预后至关重要.
• 2021年世界卫生组织分类建议在大多数BRAF改变的质瘤中查CDKN2AHD,但缺乏具体的技术建议.
• 检测方法的差异凸显了对比性绩效分析的需要.

研究的目的:

• 为了比较多种检测CDKN2A HD在BRAF改变的结质瘤中的多种技术的性能.
• 确定不同方法中检测率差异的潜在原因.
• 在这个患者群体中为CDKN2AHD选择适当的诊断技术提供指导.

主要方法:

• 对25个BRAF改变的质瘤进行了回顾性分析.
• 评估p16免疫组织化学,光在位杂交 (FISH),滴滴数字PCR,下一代测序和DNA甲基化概况衍生的副本数变异 (CNV) 分析.
• 开发一种用于CNV分析的新生物信息管道.

主要成果:

• 15例病例显示没有p16表达,表明潜在的CDKN2AHD.
• 在FISH和其他方法之间的CDKN2AHD检测中观察到显著差异,这表明FISH的错误阴性率很高.
• 一个大型未删除的区域包括MTAP,是常见的FISH探头的目标,在错误的负结果中被确定,可能是由于非特异的探头杂交.

结论:

• 针对9p21位点的标准FISH探针可能在BRAF改变的质瘤中降低了检测CDKN2A HD的灵敏度.
• 非特异性探针杂交是FISH假阴性结果的潜在原因.
• 仔细选择FISH探针和考虑替代方法对于准确检测BRAF改变的质瘤中的CDKN2AHD至关重要.