协同Arg-C Ultra和Lys-C消化用于定量蛋白质组学

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 酶性消化 酶性消化
• 质谱测量质量谱测量

背景情况:

• 完整的酶性消化对于猎枪蛋白质组学至关重要.
• 不完整的消化限制了蛋白质组的覆盖范围,并增加了变异性.
• 现有的方法难以在氨酸残留物上完全裂开.

研究的目的:

• 描述Arg-C Ultra和Lys-C蛋白酶,以实现最佳的顺序消化.
• 开发一个强大的顺序消化工作流程,与无标签DIA和TMTpro多重复合兼容.
• 为了改善蛋白质组覆盖范围和蛋白质组学中的定量复制性.

主要方法:

• 使用染色基质和猎枪蛋白质学,对Arg-C Ultra和Lys-C进行系统的表征.
• 优化反应条件,包括温度,pH值和还原剂.
• 开发和应用一个连续的Lys-C/Arg-C超级消化协议.

主要成果:

• 在降温条件下,Arg-C Ultra在室温下是最佳的;Lys-C在37°C处是活跃的,但对减温剂敏感.
• 1毫米的TCEP保留了TMTpro的完整性,同时使Arg-C Ultra活动.
• 开发的协议实现了>99%的氨酸和95%的氨酸裂变效率.
• 量化蛋白质增加了6% (无标签DIA) 和11% (TMTpro).

结论:

• 一个协同的Lys-C/Arg-C Ultra消化策略增强了蛋白质覆盖范围.
• 该协议兼容无标签的DIA和TMTpro多重复制.
• 这种方法为蛋白质组学提供了出色的定量可重现性.