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Updated: Sep 11, 2025

Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples

Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples

Published on: June 8, 2020

对FFPE基因表达概况的图书馆准备方法的比较分析和相关建议

Sara Pignatta¹, Marcella Tazzari², Valentina Indio³

¹Immuno-Gene Therapy Factory, IRCCS Istituto Romagnolo per lo Studio dei Tumori (IRST) "Dino Amadori" Meldola, Via P. Maroncelli 40, Meldola, 47014, Italy.

Scientific reports

|August 12, 2025

概括

这项研究比较了两个RNA测序套件,用于甲固定嵌 (FFPE) 组织. 基因表达结果相比较,A组需要较少的RNA输入,因此非常适合用于癌症研究中的有限样本.

科学领域:

基因组学和分子生物学
癌症研究癌症研究
生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

下一代测序 (NGS) 和全外体测序 (WES) 已经推动了癌症研究的进步.
转录组签名对于理解癌症机制和治疗耐药性至关重要.
RNA测序 (RNA-seq) 面临着来自FFPE组织的低输入或降解RNA的挑战.

研究的目的:

直接比较两个FFPE兼容的串串RNA-seq库准备套件的性能.
为了评估TaKaRaTM SMARTer^® 串联总RNA-Seq套件v2 (套件A) 和Illumina串联总RNA准备绑定与Ribo-Zero Plus (套件B).
为选择临床和转化研究的最佳RNA-seq策略提供实际指导.

主要方法:

使用FFPE组织直接比较套件A和套件B.
评估RNA-seq数据质量和基因表达量的量化.
评估RNA输入要求,成本效益,处理时间和自动化潜力.

主要成果:

这两套工具都产生了高质量的RNA-seq数据.
基因表达量测的A组实现了与B组相比较的基因表达量测.
套件A所需的RNA输入比套件B少20倍,对有限的样本有利.

结论:

套件A为具有有限RNA可用性的FFPE样本提供了显著的优势.
套件的选择取决于RNA输入,成本和处理方面的考虑.
快速发展的RNA-seq技术的最新评估对于临床和翻译研究至关重要.

关键词:

在FFPE组织中使用FFPE组织.基因表达基因表达基因表达图书馆准备协议图书馆准备协议通过RNA-seq分析进行分析.

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