稳定和不稳定采样方法导致便16SrRNA微生物测序结果差异
Christopher E Stamper1,2,3, Andrew J Hoisington1,2,3,4, Joseph C Ellis5
1Veterans Health Administration, Rocky Mountain Mental Illness Research Education and Clinical Center (MIRECC) for Veteran Suicide Prevention, Rocky Mountain Regional Veterans Affairs Medical Center (RMRVAMC), Aurora, Colorado, United States of America.
PloS one
|August 13, 2025
概括
便样本采集方法显著影响微生物组测序结果,影响了分类学和多样性数据. 标准化收集对于可靠的人类健康研究至关重要.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 人类健康 人类健康 人类健康
背景情况:
- 人们越来越了解便微生物群在人类健康中的作用.
- 便样本采集方法缺乏标准化,导致测序结果的变化.
- 可变性来源包括收集方法,储存和运输时间.
研究的目的:
- 为了比较16S rRNA基因扩增序列测序结果,我们采用了两个便样本采集方法:不稳定的拭子和稳定的OmniGene Gut Kits.
- 评估样本采集方法,运输时间和温度对微生物群数据的影响.
主要方法:
- 在配对的便样本上进行了16S rRNA基因扩增序列测序.
- 采集样本时使用了不稳定的拭子和稳定的OmniGene Gut Kits.
- 配对样本在家中或研究设施中收集,并在环境温度下运送.
主要成果:
- 便样本采集方法导致了明显的分类学和多样性差异.
- 抽样样本比OmniGene样本更受运输时间的影响.
- 差异主要是由收集方法驱动的,而不是运输时间.
结论:
- 便微生物组研究需要标准化的采集方法,以获得一致的测序结果.
- 不同便样本采集方法之间的直接比较是有限的.
- 仔细考虑样本采集方法对于未来的微生物组研究和元分析至关重要.


