在Bacillus subtilis基因组中对转录终端Rho利用 (Rut) 位点的全面映射

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 分子生物学分子生物学
• 遗传学 是一个遗传学.

背景情况:

• 细菌Rho螺旋酶以依赖生长的方式调节Bacillus subtilis中的基因表达.
• 标准的转录学方法难以识别Rho-依赖的终端因体内转录处理.
• 了解罗酶功能对于破译细菌基因调节至关重要.

研究的目的:

• 为了精确地绘制基因组范围内的Rho利用 (Rut) 位点在Bacillus subtilis.
• 为了比较细菌细菌Rho (BsRho) 和大肠杆菌Rho (EcRho) 的结合特异性.
• 调查Rho-依赖调节在Bacillus subtilis健康和生存中的作用.

主要方法:

• 化酶-SELEX (通过指数式丰富对联体的系统演化) 的应用用于绘制Rut站点的地图.
• 使用B. subtilis Rho和E. coli Rho.使用Rut网站的全基因组识别.
• 在体内验证已识别的Rut位点,并分析转录处理.

主要成果:

• 确定了600个被认为是BsRho的Rut网站和4189个EcRho网站.
• 这两种Rho酶都识别了富含金胺的序列,而BsRho更喜欢较短的图案.
• 在体内验证证了Rho-依赖调节和PNPase介导的转录处理.
• 发现了广泛的Rho-依赖的反意义转录和代谢基因的控制.

结论:

• 在细菌中存在复杂的Rho-依赖的调节网络,影响基因表达和新陈代谢.
• 罗酶可能会提高Bacillus subtilis在具有挑战性的环境中的适应性和生存能力.
• 鲁特遗址的汇编为进一步研究细菌适应性调节提供了资源.