纳米孔检查:一个交互式工具,用于评估纳米孔测序质量和结合效率
Maria A Grigoryeva1, Maria G Khrenova2,3, Maria I Zvereva3
1Scientific Research Computing Center, Lomonosov Moscow State University, Leninskie Gory, 1, Building 4, 119234 Moscow, Russian Federation.
Journal of bioinformatics and computational biology
|August 14, 2025
概括
纳米孔检查识别了纳米孔测序库准备中的联结错误. 该工具评估了适配器和条码结合质量,改善了aptamer发现和数据完整性.
科学领域:
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 人工序列 (原始,适配器,条形码) 的精确结合对于高质量的纳米孔序列库至关重要,特别是在基于SELEX的aptamer发现中.
- 连接错误可能导致序列错误识别和数据丢失,损害下游分析.
- 目前的质量控制工具缺乏评估这些人工序列的定位和流行情况的特定功能.
研究的目的:
- 推出NanoporeInspect,这是一款基于网络的新工具,用于评估结合效率,并识别纳米孔测序数据中的系统偏差.
- 为人工序列结合提供有针对性的质量控制,增强图书馆为aptamer发现做好准备.
主要方法:
- 开发一个用户友好的,基于Web的平台,利用Flask,Celery和Redis进行可扩展的异步处理.
- 集成Plotly用于交互式数据可视化.
- 使用各种纳米孔测序数据集对纳米孔检查的评估.
主要成果:
- 纳米孔检查有效地区分高质量和低质量连接库.
- 不高效的结合导致适配器和条形码分布不规则,信号准备问题.
- 高质量的图书馆展示了统一的适配器和条形码图案,表明成功绑定.
结论:
- 纳米孔检查提供了关于结合效率的宝贵见解,这对于优化纳米孔测序库准备至关重要.
- 该工具有助于识别和纠正系统性偏差,提高了阿普坦体发现和测序数据的可靠性.
- 纳米孔检查增强了纳米孔测序的质量控制,特别是在对结合精度敏感的应用中.
