典型和非典型的ADPKD:预测的致病性遗传变异和种群频率
Santosh Varughese1,2, Mary Huang1, Judy Savige1
1The University of Melbourne Department of Medicine (Melbourne Health and Northern Health), Royal Melbourne Hospital, Parkville VIC 3050, AUSTRALIA.
自体主导多囊性病 (ADPKD) 比以前认为的更常见,在非典型的ADPKD基因中发现的致病变体比典型基因更频繁. 这项研究使用计算分析来确定ADPKD相关基因的种群频率.
科学领域:
- 遗传学 遗传学 是一个
- 计算生物学 计算生物学
- 医学研究 医学研究
背景情况:
- 自体主导多囊性病 (ADPKD) 的种群频率一直不确定.
- 典型的ADPKD与PKD1和PKD2基因有关,而非典型的形式涉及GANAB,ALG9,DNAJB11,ALG5,IFT140和NEK8.8等基因.
研究的目的:
- 用计算方法确定典型和非典型ADPKD的更准确的人口频率.
- 调查ADPKD相关基因中的致病变体的流行率.
主要方法:
- 使用gnomAD v.2.1.1和v.4.1.1.计算了ADPKD相关基因中的预测病原体变异.
- 利用ClinVar对变异致病性的评估,专注于gnomAD v.4.1.1.中的结构和副本数数据.
- 在ClinVar,HGMD和LOVD数据库中比较已识别的变异与引起疾病的变化.
主要成果:
- 在典型的ADPKD基因 (PKD1,PKD2) 中预测的致病变体在314个个体中的1个中被发现.
- 在283个个体中,在1个个体中发现了非典型的ADPKD基因的致病变体.
- 非典型的ADPKD基因中的功能丧失变异比典型的ADPKD基因更常见.
结论:
- 与典型和非典型ADPKD相关的预测病原体变异比以前怀疑的更为普遍.
- 非典型的ADPKD变异比典型的ADPKD变异更为常见,特别是在考虑功能丧失的结构和副本数量变化时.
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