孔-C 测序识别了以插件驱动的染色体构造干扰,使肺炎球菌表观遗传变异区分开来
Tze Yee Lim1, Samuel T Horsfield1,2, Catherine M Troman1
1MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, Department of Infectious Disease Epidemiology, School of Public Health, Imperial College London, London, United Kingdom.
肺炎链球菌表现出与移动遗传元素相关的全基因组DNA甲基化变化. 这些变化影响染色体结构,但异源性沉默不是一个因素,异质性来自于随机移动遗传元素活动.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 细菌病原体的产生
背景情况:
- 肺炎链球菌是一种机会性病原体,具有相变的限制-修改系统.
- 阶段变化会改变DNA甲基化模式,可能会影响移动遗传元素 (MGE).
- 异种沉默 (XS) 和核状组织被假定是这些变化的媒介.
研究的目的:
- 为了研究相变异对肺炎球菌染色体构造的影响.
- 确定异源沉默 (XS) 在调节MGE表达中的作用.
- 了解在Streptococcus pneumoniae种群中产生异质性的机制.
主要方法:
- 对表观遗传学上不同的Streptococcus pneumoniae变种进行比较分析.
- Illumina Hi-C和纳米孔孔C测序用于染色体构造.
- 验证实验包括米托米辛C诱导.
主要成果:
- 肺炎球菌染色体组织主要由小规模结构 (<25 kb) 主导.
- 没有发现更高阶结构或异源沉默 (XS) 的实质证据.
- 菌体相关的染色体岛屿 (PRCI) 显示出差异性的接触密度,由随机拷贝数变化驱动,而不是DNA修饰.
结论:
- 异源性沉默 (XS) 不能调节肺炎球菌MGEs.
- 细菌群体中的异质性是通过随机切除和回归集体元素的整合产生的.
- 染色体形状的变化是局部化的,并由移动遗传元素动力学驱动.
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