PSManalyst:用于FragPipe结果的视觉质量控制的仪表板

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 高通量蛋白质组学产生大型数据集,需要有效的质量控制.
• FragPipe是一个用于蛋白质组学数据分析的快速计算平台.
• 在电子表格等传统格式中解释复杂的蛋白质组学数据可能具有挑战性.

研究的目的:

• 开发一个可访问的工具来可视化和分析FragPipe输出.
• 加强对大规模蛋白质组学数据质量的直观评估.
• 为蛋白质组学研究人员提供无代码的交互式数据探索.

主要方法:

• 开发PSManalyst,一个基于Shiny的R应用程序.
• 处理FragPipe输出文件 (psm.tsv,protein.tsv,combined_protein.tsv) 的过程.
• 实现交互式可视化,包括热图,SeqLogos,wordcloud和相似度量.

主要成果:

• 通过质量评分,PSManalyst可以对谱匹配 (PSM) 进行过.
• 该应用程序可视化蛋白酶分裂指纹,长度分布和质量错误.
• 促进了蛋白质丰富度,样本相似性,覆盖范围和污染物的交互可视化.

结论:

• PSManalyst提供了一个用户友好的,无代码的解决方案,用于蛋白质组学数据质量控制.
• 该工具增强了FragPipe生成的复杂蛋白质组学数据的解释.
• PSManalyst支持跨平台操作 (Windows,MacOS,Linux) 具有标准的R设置.