通过废水元基因组学,在全球范围内追踪诺病毒多样性
Ray W Izquierdo-Lara1, Nathalie Worp1, Mark Olthof1
1Department of Viroscience, Erasmus University Medical Center, Rotterdam, the Netherlands.
Water research
|August 15, 2025
概括
使用元基因组学的废水监测揭示了全球广泛的诺病毒多样性,包括罕见的基因型. 这种方法补充了传统方法,特别是在监控基础设施有限的地区.
科学领域:
- 环境病毒学环境病毒学
- 分子流行病学分子流行病学
- 公共卫生 微生物学
背景情况:
- 诺罗病毒导致全球显著的胃肠炎,需要了解其遗传多样性才能有效控制.
- 监测诺罗病毒的出现,演变和菌株趋势对于开发干预措施至关重要.
研究的目的:
- 用城市废水样本评估和比较全球诺罗病毒多样性.
- 评估元基因组测序在基于废水的流行病学中对诺罗病毒监测的有用性.
主要方法:
- 分析了来自6大洲62个城市的327个城市废水样本 (2017-2019).
- 应用元基因组测序来识别诺罗病毒序列,基因型和P型.
- 遗传学分析以比较废水序列与疫情数据.
主要成果:
- 在80%以上的样本中检测到诺罗病毒序列,产生7609个结合.
- 鉴定了34种囊基因型和44种聚合酶P型,主要来自感染人类的基因组 (GI,GII,GIV,GVIII,GIX).
- 检测时间和季节性多样性变化,以及广泛的罕见基因型/P型.
结论:
- 废水监测有效地补充了传统的诺罗病毒监测,揭示了广泛的遗传多样性.
- 废水的基因组测序对于发现循环中的诺罗病毒菌株很有价值,特别是在缺乏监测计划的地区.
- 废水数据显示了区域性疫情相关性,并在未得到充分监测的地区确定了新型诺罗病毒集群.
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