在Mycobacterium tuberculosis中检测到的细菌RNA转录的描述 - 来自外围人体颗粒瘤的感染细胞

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 免疫学 免疫学 免疫学

背景情况:

• 结核菌菌菌 (Mtb) 构成一个重大的全球卫生挑战.
• 区分组织中的感染细胞和未感染细胞对于了解疾病机制至关重要.
• 目前的方法在评估细胞水平感染状态方面存在局限性.

研究的目的:

• 开发一种使用单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 识别和分析感染宿主细胞的方法.
• 研究检测宿主细胞内的Mtb转录的潜在临床实用性.
• 探索Mtb转录中的序列变异,以分析潜在的血统和耐药性.

主要方法:

• 从外围结节结核病患者样本中生成了scRNA-seq库.
• 使用10X Genomics Cell Ranger工具,将测序读数与Mtb参考基因组对齐.
• 检测与宿主细胞UMI相关的细菌核糖体RNA序列 (rrs, rrl) 表示感染.

主要成果:

• 细菌核糖体RNA序列 (小和大子单元) 在scRNA-seq数据中始终被检测到.
• 与宿主细胞UMI相关的mtb转录被解释为个体细胞感染的指标.
• 与参考基因组相比,在Mtb rrs/rrl读数中观察到高频率 (>90%) 的序列变化.

结论:

• scRNA-seq可以在患者组织中识别和表征感染mtb的宿主细胞.
• 检测到的Mtb转录显示出显著的序列变异,可能为感染提供了洞察力.
• 测序深度的未来进步可能使mtb血统,药物耐药性和宿主细胞转录组的毒性因素的详细分析成为可能.