RpNGS:一种用于临床元基因组学数据中的病原体识别和监测的自动化平台
Jing Zhou1, Yao Tian1, Min Yang1
1Department of Intensive Care Unit, The First Affiliated Hospital of Xi'an Medical University, Xi'an, Shaanxi, China.
PeerJ
|August 18, 2025
概括
一个新的平台,RPNGS,简化了用于病原体识别的临床元基因组测序分析. 它自动化数据管理和报告,简化诊断实验室复杂的工作流程.
科学领域:
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 微生物学 微生物学
背景情况:
- 大基因组测序是识别感染的强大工具.
- 当前的临床应用需要高效的数据分析和管理平台.
研究的目的:
- 介绍RpNGS,一个用于临床元基因组测序的交互平台.
- 在临床环境中优化病原体识别过程.
主要方法:
- 开发了一个独立的应用程序,集成开源程序.
- 实现了用于数据和流程管理的交互式表格界面.
- 在Word格式中自动化FASTQ文件处理和报告生成.
主要成果:
- RpNGS在参考小组和临床数据集上进行了测试.
- 该平台在分析元基因组数据方面表现出有效性.
- 实现了标准化报告的自动生成.
结论:
- RpNGS是一个用户友好的应用程序,用于临床元基因组数据分析.
- 它简化了实验室数据存储,元数据管理和报告.
- 在不需要编程专业知识的情况下,Rpngs增强了临床元基因组病原体识别.
