在物种丰富的开花植物家族Leguminosae中,遗传学解决和冲突
Rong Zhang1,2, Gregory W Stull3, Jian-Jun Jin4
1Key Laboratory of Plant Diversity and Specialty Crops & Germplasm Bank of Wild Species & Yunnan Key Laboratory of Crop Wild Relatives Omics, Kunming Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences, Kunming, Yunnan 650201, China.
这项研究通过使用广泛的基因组数据,解决了不同类型的类植物 (Fabaceae) 家族的深层进化关系. 它识别了新的部落,并澄清了由不完整的血统排序和基因流动引起的复杂的基因冲突.
科学领域:
- 进化生物学 进化生物学
- 人类遗传学 是一个学科.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 解决Leguminosae (Fabaceae) 家族中的深层遗传关系是具有挑战性的,原因是不完整的血统分类 (ILS),杂交和多化.
- 之前的研究已经有了更深入的理解,但许多深层关系仍然没有得到解决.
- 红豆科 (Leguminosae) 是一个物种丰富和生态多样化的家族,对进化生物学至关重要.
研究的目的:
- 通过使用全面的基因组数据,重建Leguminosae家族的强大族系.
- 为了澄清部落和更高层次的有争议的遗传关系.
- 识别新的部落并了解导致家族遗传冲突的因素.
主要方法:
- 使用整体塑体,39个线粒体基因和来自231个物种的1559个低复制核基因重建了类基因.
- 结合了新生成的基因组扫描数据与以前发布的基因组和转录组数据.
- 应用核基因树四重奏分析,最大可能性 (ML) 和ASTRAL树来解决冲突.
主要成果:
- 支持六个子家族和49个公认的部落的单.
- 鉴定了Papilionoideae亚家族中的十个新部落,并澄清了许多有争议的关系.
- 确认ILS是原始遗传冲突的主要贡献者,并确定基因流动是被低估的因素,特别是在特定的基因组中.
结论:
- 为Leguminosae家族开发了一个强大的家族基因组框架.
- 突出了ILS和基因流动在塑造Leguminosae族群发生的重要作用.
- 为未来对这一经济重要且多样化的植物家族的研究提供了基础.
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