ChEA-KG:人类转录因子监管网络与知识图交互式用户界面
Anna I Byrd1, John Erol Evangelista1, Alexander Lachmann1
1Department of Pharmacological Sciences, Department of Artificial Intelligence and Human Health, Mount Sinai Center for Bioinformatics, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY, 10029, USA.
研究人员通过分析转录因子 (TF) 丰富,构建了一个高质量的人类基因调控网络 (GRN). 这个GRN绘制了TF连接,有助于理解基因表达调节和TF在细胞类型和癌症中的作用.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 系统生物学 系统生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 基因表达是由绑定DNA的转录因子 (TFs) 调节的.
- TFs形成复杂的基因调控网络 (GRNs),具有复杂的反循环.
- 现有的重建人类GRNs的方法往往是实验性的或计算性的.
研究的目的:
- 开发一种新的计算方法,用于构建高质量的人类GRN.
- 创建一个全面地图的签名和指导边缘连接TFs.
- 为探索人类GRN和TF功能提供一个互动平台.
主要方法:
- 在来自RummaGEO资源的数千个基因组上利用了转录因子丰富分析 (ChEA3).
- 蒸的签名和指导边缘连接人类TFs构建GRN.
- 开发了ChEA-KG网络服务器应用程序,用于网络可视化和分析.
主要成果:
- 构建了一个具有131581个签名和定向边缘的人类GRN.
- 该GRN将701个源TF节点连接到1559个目标TF节点.
- 通过扩展丰富分析生成细胞类型和癌症TF图谱.
结论:
- ChEA-KG提供了一种新的交互式方法来探索人类的GRN.
- 该应用程序有助于网络可视化和TF丰富分析.
- ChEA-KG提供了对人类细胞类型和癌症的TF调节有价值的见解.
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