一个新的多部位序列类型设计方案,用于乳杆菌delbrueckii亚种. bulgaricus 基于全基因组测序数据的数据

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 细菌遗传学 细菌遗传学
• 人口基因组学 人口基因组学

背景情况:

• 牛乳杆菌delbrueckii亚种. 这种细菌. 布尔加里克斯 (L. bulgaricus) 在乳制品发酵中至关重要.
• 对于L. bulgaricus而言,现有的多位置序列类型 (MLST) 方案缺乏足够的区分能力来进行详细的种群研究.
• 全基因组测序数据为开发改进的排版方法提供了丰富的资源.

研究的目的:

• 开发和验证L. bulgaricus的新型,高分辨率的13种家政基因多部位序列类型 (MLST) 方案.
• 分析L. bulgaricus菌株的种群结构和遗传多样性,包括一组独特的土耳其分离物.
• 为L. bulgaricus的流行病学和工业追踪提供标准化和计算效率高的工具.

主要方法:

• 整个基因组测序数据被用来为MLST计划选择13个家政基因.
• 总共分析了247个L. bulgaricus菌株 (218个来自GenBank,29个土耳其分离物).
• 进行了种群遗传学分析,包括等位基因和序列类型 (ST) 确定,克隆复合体识别和多样性评估.

主要成果:

• 新的13基因MLST方案确定了291个等位基因和133个序列类型 (ST),包括12个针对土耳其分离物的新ST,显示出比以前的8基因方案更高的分辨率.
• 种群结构分析揭示了17个克隆复合体和76个单体ST,土耳其分离物形成了一个独特的克隆复合体 (CC-6) 或单体.
• 在参考和土耳其种群之间观察到显著的遗传多样性差异,有证据表明重组和主要的克隆种群结构.

结论:

• 开发的13基因MLST方案是一个强大的,可扩展的,便携式工具,用于高分辨率的L. bulgaricus的类型化.
• 这项研究强调了土耳其L. bulgaricus分离物的遗传独特性以及地理来源对细菌群体结构的影响.
• 这种标准化的MLST方案对于初始培养物选择,跟踪传统乳制品微生物群和补充全基因组类型方法是有价值的.