使用低质量和数量DNA样本对人类甲基化EPIC v2.0晶片的评估
Brando Poggiali1, Mikkel Eriksen Dupont2, Marie-Louise Kampmann2
1Section of Forensic Genetics, Department of Forensic Medicine, Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark. brando.poggiali@sund.ku.dk.
Biological procedures online
|August 22, 2025
概括
人类甲基化EPIC v2.0微阵列可以分析低质量的DNA,但性能取决于碎片大小和输入量. 最佳的结果需要更大的片段和更高的DNA输入来进行准确的DNA甲基化分析.
科学领域:
- 基因组学
- 表观遗传学
- 生物技术
背景情况:
- 人类甲基化EPIC v2.0 BeadChip (EPIC v2.0) 是全基因组DNA甲基化 (DNAm) 分析的标准,需要高质量的DNA (250 ng).
- 临床和法医设置通常会产生低质量的DNA (碎片化,少量),这对标准分析构成挑战.
研究的目的:
- 用不同的DNA片段大小和输入量来评估EPIC v2.0微阵列的性能.
- 使用EPIC v2.0确定可靠DNAm分析的最低DNA质量和数量要求.
主要方法:
- 在平均碎片大小为350,230,165和95bp的DNA样本上测试了EPIC v2.0性能.
- 估计的DNA输入量为100,50,20和10 ng.
- 将结果与在最佳条件下分析的对照样本进行比较 (高质量的DNA,250 ng输入).
主要成果:
- 最佳性能 (90%探针检测,r=0.995, Δβ radius=0.012) 通过 350 bp 片段和 100 ng 输入实现.
- 较小的碎片大小和输入量降低了性能 (43%的检测,r=0.946,Δβ
- 在10 ng输入时采用95 bp碎片或165 bp碎片的样品未能通过质量控制.
结论:
- DNA片段大小对EPIC v2.0 DNAm分析有显著的影响,而不是DNA输入量.
- 可靠的DNAm测量得到了165bp碎片大小和20ng输入.
- 高度碎片化的DNA (95 bp) 不适合EPIC v2.0分析,这突显了该技术在受损样本方面的局限性.
