从专家知识到验证资源:用于填补常见生殖基因测试可用的参考材料的形方法的案例

科学领域:

• 基因组学
• 分子生物学
• 生物信息学

背景情况:

• 全基因组和全外体测序的临床实施需要严格的质量控制.
• 越来越多的临床相关基因和变体需要全面的参考材料来验证下一代测序 (NGS).
• 现有的物理参考材料对于许多广泛测试的基因是不够的.

研究的目的:

• 评估临床相关变体的物理参考材料的可用性.
• 为了证明在NGS测试开发和验证中化参考材料的实用性.
• 为生成in silico参考材料提供指导.

主要方法:

• 对广泛测试的基因进行临床相关变异的专家策划清单.
• 评估公开可用的物理参考材料的可用性.
• 用49个精心策划的变种在基准材料中生成.
• 与三家经验丰富的NGS实验室进行了盲目的概念验证研究.

主要成果:

• 只有29.4%的检查变种被确定为公开可用的参考材料.
• 在一个盲目的研究中,成功地使用了In silico的参考材料,实验室检测到几乎所有添加的变体.
• 由于无法测试常见的致病变体,确定了导致错误阴性结果的常见情景.

结论:

• 对于NGS测试验证的物理参考材料非常少.
• 在中,参考材料是补充实物样本的宝贵工具,特别是当实物材料稀缺时.
• 建立中央知识库和制定标准化资源生成流程对于改善NGS测试质量控制至关重要.