全基因组测序揭示了导致牛皮的罕见和结构变异,并将CERCAM确定为风险基因
Kyuto Sonehara1, Rei Watanabe2, Yutaka Matsumura3
1Department of Genome Informatics, Graduate School of Medicine, the University of Tokyo, Tokyo, Japan; Department of Statistical Genetics, Osaka University Graduate School of Medicine, Suita, Japan; Laboratory for Systems Genetics, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Japan.
这项研究通过分析日本人口中的罕见和结构变异,揭示了导致牛皮病 (PsV) 的新遗传因素. 这些发现强调IFIH1和CERCAM是关键的易感基因,进步了我们对PsV遗传学的理解.
科学领域:
- 遗传学
- 免疫皮肤学
- 基因组学
背景情况:
- 牛皮是一种复杂的免疫媒介性皮肤疾病.
- 之前的遗传研究主要集中在欧洲人群中的常见变异,限制了对不同遗传因素的洞察力.
- 需要探索罕见变异 (RV) 和结构变异 (SV) 以全面了解PsV病因.
研究的目的:
- 研究稀有和结构变异在牛皮的遗传基础中的作用.
- 在日本群体中发现PsV的新型易感基因.
- 为了阐明PsV的遗传结构,
主要方法:
- 在日本人口中对1,415例PsV病例和3,968例对照进行全基因组测序.
- 使用删除结构变异分析在IFNLR1进行全基因组关联研究 (GWAS) 信号的精细映射.
- 基于基因的罕见变异关联分析和使用PacBio长读测序的验证.
- 在使用Cercam淘汰的牛皮小鼠模型中进行功能验证.
主要成果:
- 发现了一种3. 3kb的删除结构变异,破坏了IFNLR1的表皮特异性增强剂.
- 通过罕见变体分析,两种新的易感基因IFIH1和CERCAM与PsV有关.
- 与一般性型牛皮相关的IL36RN基因与常见的PsV有关.
- 在小鼠中,Cercam knockout 加剧了伊米基莫德诱导的皮肤炎,这表明它在皮肤炎症中的作用.
结论:
- 这项研究揭示了罕见和结构变异对牛皮遗传学的重大贡献.
- IFIH1和CERCAM被确定为PsV的新敏感性基因.
- 这些发现扩大了对PsV病变的理解,并强调了多样化的遗传分析的重要性.
更多相关视频
05:51A Strategy to Identify de Novo Mutations in Common Disorders such as Autism and Schizophrenia
Published on: June 15, 2011
09:06High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq
Published on: October 5, 2018
相关概念视频
Genome-wide Association Studies-GWAS
GWAS does not require the identification of the target gene involved in...
Comparing Copy Number Variations and SNPs
Copy number variations or CNVs are the structural variations that cover more than 1kb of DNA sequence. The single nucleotide polymorphism (SNP), on the other hand, is a single nucleotide change or a point mutation that is found in more than 1%...
Single Nucleotide Polymorphisms-SNPs
Pleiotropy
Polygenic Traits
Cancers Originate from Somatic Mutations in a Single Cell
