单核多原子测序的简单核分离方法
Yin Wang1, Di Ren2, Randy Kang3
1Department of Diabetes and Cancer Metabolism, Beckman Research Institute, City of Hope National Medical Center, Duarte, CA 91010, USA; Division of Cardiology, Department of Medicine, Beckman Research Institute, City of Hope National Medical Center, Duarte, CA 91010, USA.
Journal of molecular and cellular cardiology
|August 23, 2025
概括
我们开发了一种叫做DFGC的快速,廉价的细胞核隔离方法, 这种技术提高了单核多原子测序 (snMultiome-seq) 数据质量,特别是对于诸如心脏组织等具有挑战性的样本.
科学领域:
- 分子生物学
- 基因组学
- 生物技术
背景情况:
- 单核多原子测序 (snMultiome-seq) 对理解生物过程至关重要.
- 现有的方法难以从冷保存的纤维组织中分离出高质量的核,影响数据质量.
- 由于其纤维性,心脏组织对细胞核隔离具有特殊的挑战.
研究的目的:
- 开发一种简单,廉价,高效的方法, 从冷组织中分离出高质量的核.
- 与现有方法相比,评估新协议的有效性.
- 提高snMultiome-seq对具有挑战性的样本类型的适用性.
主要方法:
- 开发了用于原子核隔离的器-过-梯度离心 (DFGC) 协议.
- 协议包括切碎,切碎,过和密度梯度离心.
- 将DFGC与微珠和光激活细胞分类 (FACS) 方法进行比较.
主要成果:
- DFGC协议是快速的,大约需要1.5小时.
- 对于下游的snMultiome-seq应用,DFGC产生了优质的核.
- 在基因表达和染色质可访问性数据生成方面,DFGC表现出优异的性能.
结论:
- 对于从冷纤维组织中分离细胞核,DFGC方法提供了显著的改进.
- 预计该协议将成为高质量的snMultiome-seq的标准方法.
- DFGC提高了snMultiome-seq用于研究心脏等复杂组织的实用性.


