对长期存储后eDNA产量和检测概率的保存和提取方法的评估
Sarah A Tomke1, Ethan N Buland2, Steven J Price1
1Department of Forestry and Natural Resources, University of Kentucky, Lexington, Kentucky, USA.
Molecular ecology resources
|August 26, 2025
概括
冷和乙醇保存方法最好保持长期储存的环境DNA (eDNA) 产量和检测率. 储存温度会影响乙醇样本,但总体而言,这些方法提高了生物多样性监测的准确性.
科学领域:
- 生态学
- 分子生物学
- 保护科学
背景情况:
- 标准化环境DNA (eDNA) 采样工作流程对于可复制生物多样性估计至关重要.
- 有限的研究比较了长期存储的eDNA样本保存策略,重点关注DNA产量而不是检测成功.
- 罕见物种的检测严重依赖于有效的eDNA保存和提取.
研究的目的:
- 评估eDNA的常见保存介质,储存温度和DNA提取方法.
- 评估它们在存储一年和四年后对eDNA产量和检测概率的影响.
- 为优化和标准化长期电子DNA样本存储协议提供信息.
主要方法:
- 保存介质的比较:冷,乙醇和朗迈尔的溶解缓冲剂.
- 储存温度的评估:包括室温和冷.
- 对DNA提取方法的评估:--异醇 (PCI) 和Qiagen DNeasy血液和组织套件.
- 测量1年和4年的eDNA产量 (DNA度) 和检测概率.
主要成果:
- 冷和以乙醇保存的样本显示出明显更高的DNA度和检测率比Longmire的样本当提取方法有所不同.
- --异醇 (PCI) 提取导致长米尔样品的抑制,而乙醇样品的产量/检测率降低.
- 在四年内,eDNA产量和检测保持稳定,但室温乙醇样本的度下降.
- 冷和朗迈尔的保存样本通常比乙醇保存的样本产生更多的DNA,尽管所有媒体的检测率都很高.
结论:
- 冷和乙醇是长期储存eDNA的有效保存媒介,冷的产量往往更高.
- 提取方法的选择至关重要;对于朗迈尔和乙醇样本,Qiagen DNeasy比PCI更有效.
- 室温储存会对四年内以乙醇保存的eDNA度产生负面影响.
- 使用最佳保存和提取方法的标准化协议对于基于eDNA的可靠生物多样性评估至关重要.
