对Nextclade的禽流感A(H5) 病毒数据集的开发可以快速准确地分配类
Jordan T Ort1, Samuel S Shepard2, Sonja A Zolnoski1
1Department of Microbiology, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, 3610 Hamilton Walk, Philadelphia, PA 19104, United States.
Virus evolution
|August 27, 2025
概括
新的Nextclade工具简化了禽流感A(H5) 类别的分配,有助于监测. 这种用户友好的拖放接口可以准确地区分高致病性禽流感 (HPAI) 和低致病性菌株.
科学领域:
- 病毒学
- 基因组学
- 公共卫生
背景情况:
- 2022年泛动物性高致病性禽流感 (HPAI) A(H5) 病毒已导致广泛传播给哺乳动物.
- 准确和快速的A(H5) 病毒分类对于监测和疫情应对至关重要,特别是在同流传的低致病性禽流感 (LPAI) 菌株中.
- 现有的分类分配工具通常需要专门的专业知识,限制其在公共卫生实验室中的使用.
研究的目的:
- 为Nextclade开发用户友好的数据集,以便快速准确地分配A ((H5) 类禽流感病毒.
- 提供一种能够区分HPAI和LPAI A(H5) 菌株并识别关键遗传标记的工具.
主要方法:
- 创建了Nextclade数据集,使用历史的A(H5) 类的注释参考序列,包括2.3.2.1和2.3.4.4类的后代.
- 鉴定了基于树的类赋值的类定义突变.
- 与命令行软件LABEL进行了对比,使用了超过19,000个独特的序列.
主要成果:
- 与特定类数据集 (2.3.2.1 和 2.3.4.4) 的LABEL相比,Nextclade数据集的匹配率很高 (97.8%99.1%).
- 所有类型的数据集显示了94.8%的匹配率,并准确地区分了HPAI和LPAI菌株.
- 该工具成功识别了多基分裂部位序列和潜在的N结合糖化部位.
结论:
- 开发的Nextclade数据集提供了一个快速,准确和可访问的A(H5) 类别赋值替代方案.
- 拖放界面可以提高公共卫生监测实验室的可用性.
- 这种工具有助于改善对禽流感疫情的监测和应对.
