菌群的动力学和组装机制 在Macrobrachium rosenbergii幼虫发育期间:基于16S rRNA绝对定量测序的高频采样研究
Zhibin Lu1,2, Jingwen Hao1,2, Jilun Meng1
1Xianghu Laboratory, Hangzhou 311231, China.
Microorganisms
|August 28, 2025
概括
巨型淡水幼虫中的细菌群体表现出不同的特定阶段动态,主要的分类通过区分共存. 微生物聚集主要是由生态漂移驱动的,为无抗生素水产养殖管理提供了洞察力.
科学领域:
- 水生微生物学
- 幼虫生态
- 主体与微生物的相互作用
背景情况:
- 肠道微生物群对水生动物的发育和健康起着至关重要的作用.
- 了解幼虫阶段的微生物动态对于优化水产养殖实践至关重要.
研究的目的:
- 调查细菌群体在Macrobrachium rosenbergii幼虫发育过程中的特定阶段的动态,组装机制和功能作用.
- 描述高分辨率的微生物群,分析细菌的继承,持续的种类和生态过程.
主要方法:
- 采用高频率采样 (126个样本) 在11个幼虫阶段和1个幼虫后阶段.
- 使用16S rRNA绝对量化测序,丰富度占用模型和中性社区模型.
- 应用PICRUSt2进行代谢途径的功能预测.
主要成果:
- 绝对的细菌丰富度遵循了三相的轨迹,具有明显的积累,扩张和重塑阶段.
- 包括Herminiimonas和Maritalea在内的80种主导的安普利康序列变异 (ASV) 占总数的95%以上.
- 社区建设以生态漂移为主,代谢途径随着饮食的变化而发生转变,
结论:
- 在M. rosenbergii幼虫中的细菌群体表现出复杂的,特定阶段的动态,由区分和生态漂移驱动.
- 细菌群的弹性得到了基因替代的支持,这表明优化水产养殖环境可以促进无抗生素的微生物管理.
- 这项研究增强了对水生动物宿主微生物相互作用和生态区分的理解.
