2024年在巴基斯坦流传的登革热病毒的基因组特征和血清型分布
Zunera Jamal1, Fahad Humayun1, Syed Adnan Haider1
1Department of Virology, National Institute of Health, 45500, Park Rd, Chak Shahzad, Islamabad, Pakistan.
概括
2024年巴基斯坦的基因组监测显示,登革热病毒1型和2型在疫情中占主导地位. 遗传学分析显示与以前的菌株有很大的相似性,强调需要持续监测和公共卫生干预.
科学领域:
- 病毒学
- 基因组学
- 公共卫生
背景情况:
- 登革热病毒 (DENV) 在巴基斯坦构成了严重的公共卫生威胁,
- 持续的基因组监测对于了解这些疫情期间流传的血清型和病毒多样性至关重要.
研究的目的:
- 在巴基斯坦2024年爆发期间调查DENV的血清型和基因组多样性.
- 分析循环DENV菌株的遗传关系和进化史.
- 确定潜在的遗传适应和传播联系.
主要方法:
- 收集和处理524个NS-1确诊的登革热样本.
- 使用实时PCR进行血清定型,以确定DENV血清型.
- 基因组测序 (Illumina MiSeq) 用于获得DENV基因组.
- 遗传学和时间尺度分析以确定进化关系和起源.
- 突变分析以确定遗传变异.
主要成果:
- 发现的主要血清型是DENV-2 (93%) 和DENV-1 (7%);没有发现并发感染.
- 成功测序了33个DENV基因组,包括第一个来自Chilas和Kech的基因组.
- 遗传学分析显示,2024个菌株和2022-2023年的巴基斯坦菌株之间具有很高的同类性 (∼99%).
- 大多数DENV-2菌株在2018年共享一个共同的祖先,其中一个不同的菌株可以追溯到2005年.
- DENV-1 序列表明在 2016 年具有共同祖先的持续循环.
- 在奇拉斯的DENV-1中发现了一个特定的突变 (NS4B:G240S),表明局部适应.
结论:
- 巴基斯坦2024年的登革热疫情主要是由与以前的病毒株密切相关的DENV-2和DENV-1驱动的.
- 基因组数据显示DENV菌株的持续循环和潜在局部适应.
- 持续的基因组监测和有针对性的公共卫生干预措施对于巴基斯坦的登革热管理至关重要.
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