在DNA净化之前结阴道抽样不会显著影响微生物组合
Khaled Saoud Ali Ghathian1,2, Julie Elm Heintz1, Sarah Mollerup1
1Department of Clinical Microbiology, Copenhagen University Hospital - Amager and Hvidovre, Hvidovre, Denmark.
MicrobiologyOpen
|August 29, 2025
概括
短时间冷阴道抽样,即使在DNA耗尽后,也在很大程度上保留了阴道微生物组. 这种稳定性支持在研究中使用冷样本,尽管罕见细菌的微小变化需要仔细解释.
科学领域:
- 微生物学
- 基因组学
- 生物银行
背景情况:
- 阴道微生物组分析对于理解生殖健康至关重要.
- 储存条件可能会影响微生物组,特别是在宿主DNA耗尽后.
- 关于短期储存温度对阴道微生物群的影响的数据有限.
研究的目的:
- 评估不同储存温度 (5°C,-20°C,-80°C) 在宿主DNA耗尽后对阴道微生物组的短期影响.
- 在常见的生物库条件下确定阴道微生物组的稳定性.
主要方法:
- 阴道抽样在5°C (48小时),-20°C (3周) 或-80°C (3周) 保存.
- 用MetaPhlAn4进行了微生物DNA分析.
- 使用统计方法 (Kruskal-Wallis,Wilcoxon,PERMANOVA,ANCOM-BC2) 分析了阿尔法和β多样性以及差异性丰度.
- 内部质量控制评估了可重复性和存储偏差.
主要成果:
- 在储存条件之间没有观察到阿尔法多样性,总体相对丰度或全球β多样性的显著差异.
- PERMANOVA指出,社区结构的变化趋势不显著 (p=0.061).
- 在ANCOM-BC2中没有发现群体之间有差异性繁多的类型.
- 内部质量控制显示,在冷后,Gram负物种的少量变化很小.
结论:
- 在宿主DNA耗尽后,在-20°C和-80°C的短期存储下,阴道微生物组组成在很大程度上保持稳定.
- 这些冷条件适用于涉及阴道微生物组分析的临床和研究工作流程.
- 低丰度或敏感分类中的微妙变化可能会发生,需要谨慎的解释,特别是在专注于微生物细结构或生物标志物的研究中.
