通过k-fold交叉验证检查阿尔茨海默病多基因风险评分的表现
Michael D Osterman1, Yeunjoo E Song1, Audrey Lynn1
1From the Department of Population and Quantitative Health Sciences (M.D.O., Y.E.S., A.L., K.M., N.R.W., J.B., W.S.B., J.L.H.); Cleveland Institute for Computational Biology (M.D.O., Y.E.S., A.L., W.S.B., J.L.H.), Case Western Reserve University, OH; Department of Medicine (Biomedical Genetics) (L.A.F.), Boston University, Boston, MA; Penn Neurodegeneration Genomics Center (G.D.S.), Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, Philadelphia; The John P. Hussman Institute for Human Genomics (E.R.M., M.A.P.-V.), The University of Miami Miller School of Medicine; and Dr. John T. Macdonald Foundation Department of Human Genetics (E.R.M., M.A.P.-V.), University of Miami, Miami, FL.
阿尔茨海默病的多基因风险评分 (PRS) 在特定的种族/民族群体中表现最好. 开发多样化的数据集对于提高PRS的准确性和跨人群的可转移性至关重要.
科学领域:
- 遗传学
- 人口遗传学
- 计算生物学
背景情况:
- 阿尔茨海默氏病 (AD) 具有复杂的遗传基础,但大多数遗传研究都集中在欧洲祖先群体上.
- 基因风险预测工具,如多基因风险评分 (PRS),在不同种族和族群中可能有不同的表现.
- 了解这些变异对于AD的基因风险评估至关重要.
研究的目的:
- 研究不同种族和民族的AD特异性多基因风险评分 (PRS) 的性能和可转移性.
- 评估在西班牙裔,非西班牙裔黑人和非西班牙裔白人之间训练和测试时,PRS的准确性如何变化.
- 建立一个框架来提高PRS在不同的人群中的实用性.
主要方法:
- 分析了来自阿尔茨海默病测序项目 (ADSP) 发布3的11,254人,分为西班牙裔,非西班牙裔黑人和非西班牙裔白人.
- 在每个组中使用5倍交叉验证方法进行全基因组关联研究 (GWAS) 和PRS构建.
- 计算了曲线下的面积 (AUC) 来评估PRS性能,检查了包括APOE区域,性别特异性PRS和样本大小在内的各种标准.
主要成果:
- 在同一种族/族裔群体中接受培训的PRS总是表现优于在其他群体中接受培训的PRS,
- 在不同种族/民族群体应用PRS时,AUC在代中的变化更大.
- 即使包括APOE,性别和年龄等共变量以及不同的PRS生成标准,这些发现仍然是一致的.
结论:
- 阿尔茨海默氏症多基因风险得分表现出不同的表现和在不同种族和民族群体之间有限的可转移性.
- 这项研究强调需要多样化的人口数据来提高AD遗传风险预测的准确性和适用性.
- 这项研究为开发阿尔茨海默病研究和临床应用更公平,更有效的PRS工具提供了基础.
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