对患有双相情感障碍和精神分裂症的非裔美国人进行基于全基因组序列的关联分析
Runjia Li1, Sarah A Gagliano Taliun2, Kevin Liao3
1Bioinformatics Interdepartmental Program, University of California, Los Angeles, Los Angeles, CA, USA; Department of Biological Chemistry, University of California, Los Angeles, Los Angeles, CA, USA.
非洲裔美国人的全基因组测序发现了与双相情感障碍 (BD) 和精神分裂症 (SZ) 风险相关的潜在遗传变异. 需要进一步研究以了解这些群体中的非编码变体.
科学领域:
- 遗传学
- 精神疾病
- 基因组医学
背景情况:
- 关于双相情感障碍 (BD) 和精神分裂症 (SZ) 风险变异的先前研究主要集中在欧洲祖先身上.
- 关于非欧洲人群的遗传风险因素,特别是关于罕见的非编码变体的知识有限.
研究的目的:
- 研究非洲裔美国人的全基因组测序数据,以确定与BD和SZ风险相关的遗传变异.
- 探索罕见的非编码变体在 BD 和 SZ 的遗传结构中的作用.
主要方法:
- 在1598名BD患者,3295名SZ患者和2651名对照患者中进行了全基因组测序 (InPSYght研究).
- 为了增加统计能力,纳入了来自Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) 计划的其他对照组 (14,812名).
- 分析包括单变体测试,蛋白质截断变体的基因测试和使用保存和染色质状态的罕见/低频变体的注释测试.
主要成果:
- 表明BD与染色体18单个变异相关的证据.
- 在已知 BD 全基因组关联研究 (GWAS) 位点附近的 11 号染色体罕见/低频变异的关联.
- 染色体和保存状态测试对于变异调用质量控制和共变量调整的证明.
结论:
- 这些发现突显了在不同人群,特别是非洲裔美国人中全基因组测序的重要性,以了解BD和SZ遗传风险.
- 强调需要对非编码变体进行全面的功能注释,以充分阐明它们在精神疾病中的作用.
- 表明11号和18号染色体上的潜在遗传位置需要在非洲裔美国人群中进行进一步的研究.
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