使用目标丰富工作流程从临床样本生成整个细菌基因组

科学领域:

• 微生物学
• 基因组学
• 传染性疾病

背景情况:

• 从临床样本中获得完整的细菌基因组是很困难的,因为人类的DNA,微生物群和低水平的病原体.
• 繁殖性细菌物种和传播媒介阻碍了传统的基于培养的性病诊断方法.
• 在临床样本中,直接基因组测序通常会在细菌负载低的情况下失败.

研究的目的:

• 从临床样本开发和验证细菌性传播感染的全基因组测序的向丰富方法.
• 提高性病的基因组恢复成功率,特别是那些具有较低病原体负载的病原体.
• 使细菌性感染的基因组监测和抗菌耐药性分析成为可能.

主要方法:

• 使用探测器准四种细菌性感染物种进行全基因组测序.
• 在基因组测序之前实施了化程序.
• 优化杂交温度,以改善具有挑战性的样本的基因组恢复,例如具有Mycoplasma genitalium的样本.

主要成果:

• 从以前不适合直接测序的样本获得了优秀的基因组数据.
• 对细菌性传染病基因组测序具有很高的有效性,特别是在具有较高的病原体负载的情况下 (Ct < 30).
• 在布宜诺斯艾利斯发现了一种新型的Chllamydia trachomatis lymphogranuloma venereum (ompA-基因型L4).

结论:

• 向丰富是一种高效的方法,可以直接从临床样本中测序细菌性感染基因组.
• 这种方法增强了基因组监测能力,有助于了解抗菌素耐药性.
• 这种方法有助于在细菌性感染中发现新的基因组多样性.