在外基因测序数据中,在目标区域的DNA损伤文物中存在一致的不对称性

科学领域:

• 基因组学
• 分子生物学
• 生物信息学

背景情况:

• 在复制过程中,DNA的氧化损伤会导致G>T突变.
• 外体序列中的链不对称,其特征是没有相应的C>A不匹配的G>T不匹配,这是一个已知的工件.
• 这种不对称性通常用于识别体质变异检测中的潜在测序错误.

研究的目的:

• 调查外体序列数据中的链不对称的来源和影响.
• 要确定不对称的模式是否可靠地表明氧化损伤的文物.
• 评估不同癌症测序队列中这种文物的流行程度.

主要方法:

• 来自各种群体的外体序列数据中的链不对称性分析.
• 对外体测序和全基因组测序数据之间的不对称性模式的比较.
• 量化G>T不匹配以及它们与体质变异调用中的不对称关系.

主要成果:

• 观察到线条不对称,通常在目标捕获区域内一致.
• 一些数据集与前置链相对不对称,而另一些则与转录链相对不对称.
• 在全基因组测序中,不对称性较少,这表明与外体捕获方法的联系.
• 在体变异调用中,高水平的不对称性与氧化损伤人工物有关.
• 一个队列 (丸生殖细胞瘤) 显示大约50%的G>T体质突变可能是由于氧化损伤.

结论:

• 单链外体捕获探针被认为是观察到的不对称性的原因,而不是氧化本身.
• 显著的链不对称性可以作为外体测序中的氧化损伤文物标记.
• 这些发现突显了对癌症基因组学,特别是特定瘤类型的测序文物进行仔细考虑的必要性.