从猛象遗骸中获得的与宿主相关的古老微生物
Benjamin Guinet1, Nikolay Oskolkov2, Kelsey Moreland3
1Centre for Palaeogenetics, Svante Arrhenius väg 20C, 10691 Stockholm, Sweden; Department of Bioinformatics and Genetics, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden.
古老的猛动物DNA揭示了六种与宿主相关的微生物,包括来自11万年前的草原猛动物的Erysipelothrix. 这项研究揭示了古代动物微生物组及其进化历史.
科学领域:
- 古遗传学
- 微生物生态学
- 进化生物学
背景情况:
- 人与微生物的相互作用在古代基因组学中得到了很好的研究.
- 对古代非人类动物微生物的研究是有限的, 阻碍了进化见解.
研究的目的:
- 分析长达100万年的猛动物遗骸中的古老微生物DNA.
- 识别与宿主相关的微生物并重建它们的基因组.
- 确定最古老的与宿主相关的微生物DNA.
主要方法:
- 对483头猛象遗体进行基因组选.
- 污染物过和古代DNA损伤模式分析.
- 遗传学推断和整个基因组的重建.
主要成果:
- 确定了310种相关微生物,包括6种与宿主相关的菌株 (Actinobacillus,Pasteurella,Streptococcus,Erysipelothrix).
- 在一些类中检测到可疑的毒性因素,包括与大象死亡相关的巴斯图雷拉.
- 从最古老的猛样本重建的Erysipelothrix基因组 (年龄为110万年).
结论:
- 可以恢复古代动物微生物组,提供宝贵的古生态和进化数据.
- 这项研究提供了最古老的与宿主相关的微生物DNA.
- 哺乳动物微生物组为我们提供了进入纪生态系统和宿主微生物共同进化的窗口.
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