在进入环境的高风险港口中,用于微生物风险评估和来源归因的元基因组方法

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 传染病流行病学 传染病流行病学
• 基因组学和生物信息学

背景情况:

• 新出现的传染病疫情凸显了对进口疾病进行强有力的控制的必要性.
• 进入港口的环境监测对于早期检测微生物入侵至关重要.

研究的目的:

• 通过海关和港口的环境监测,实施微生物入侵的动态跟踪.
• 建立基于元基因组学的监测框架,用于高风险港口环境中的微生物风险评估.
• 根据微生物风险水平提出一个有针对性的消毒策略.

主要方法:

• 从2024年7月到9月,从中国深的三个入境港口收集126个环境样本.
• 超基因组分析用于识别细菌,真菌,原生体,古物和病毒种类.
• 统计分析以评估病毒在不同参数 (区域,地点,港口,月份) 的分布.

主要成果:

• 检测到55个非病毒微生物群落和12个病毒种群.
• 显著比例的细菌 (26.8%),真菌 (100%) 和原生体 (71.4%) 显示出潜在的致病性.
• 病毒的流行率很高,菌体和未分类的病毒是最常见的;巨型病毒的比例在每个月有很大的变化.
• 发现了两种致病病毒:子病毒和A型流感病毒 (H4N2).
• 根据微生物风险,分类了四个不同的消毒区.

结论:

• 环境元基因组学为旅行者查提供了关键的补充,以控制进口传染病.
• 该研究建立了一个新的监测框架和一个为港口环境的四层消毒战略.
• 这些发现为预防和控制进口传染病提供了早期预警信号.