嵌入大型拼接调节器序列组合中的深层内在RbFox图案集群调节替代拼接

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 遗传学 遗传学 是一个
• 在RNA生物学,RNA生物学.

背景情况:

• RbFoxRNA结合蛋白是哺乳动物发育和器官功能中的替代拼接的关键调节者.
• RbFox蛋白质结合特定的RNA序列 ((U) GCAUG) 具有高度亲和力和二次动机的度依赖.
• 广泛存在的RbFox基因在基因调节中的确切作用和层次尚不清楚.

研究的目的:

• 调查聚类RbFox图案在调节替代拼接中的功能.
• 为了确定RbFox图案在深层内部区域的层次要求.
• 探索RbFox图案与其他拼接调节器 (如LASR) 的相互作用.

主要方法:

• 在小鼠和人类基因中的 (U) GCAUG集群的生物信息分析.
• 综合分析eCLIP和RNAseq数据以确定Rbfox1目标.
• 在细菌人工染色体中进行重组突变发生,以研究NTrk2基因拼接调节.

主要成果:

• 深度内在的,紧密集群的RbFox1基因被确定为替代性外子拼接的关键调节者.
• (U) GCAUG集群在哺乳动物基因中普遍存在,并且嵌入绑定大拼接调节器组合 (LASR) 的序列中.
• 与这些结合的Rbfox1在全球范围内增加了RNA异形调节,并且结的动机对于NTrk2替代拼接调节至关重要.

结论:

• 集群的,内在的RbFox结合动机,特别是在LASR结合序列内,是RbFox1功能的关键决定因素.
• 这些聚类图案可能有助于RbFox蛋白招募形成一个拼接调节复合体.
• 这些发现提供了对替代拼接机制和致病突变鉴定潜在目标的见解.