使用批量和有针对性的单细胞激活来敏感剖析基因组监管格局
Dubravka Vučićević1, Che-Wei Hsu1, Lorena Sofia Lopez Zepeda1
1Computational Regulatory Genomics, Berlin Institute for Medical Systems Biology of the Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association, 10115 Berlin, Germany.
Cell genomics
|September 10, 2025
概括
研究人员使用CRISPR激活查确定了新型基因调控元素,并开发了TESLA-seq来绘制增强剂-点基因连接. 这种方法揭示了对神经母细胞瘤和更广泛的基因调节网络的关键见解.
科学领域:
- 遗传学 遗传学 是一个
- 分子生物学分子生物学
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 增强剂在空间和时间上调节基因转录,但它们的识别和目标基因映射往往是间接的和低分辨率的.
- 识别功能增强剂及其直接标对于理解基因调节和疾病机制至关重要.
研究的目的:
- 在PHOX2B基因附近的内源部位识别和功能性扰乱增强剂.
- 开发一种高分辨率的方法来确定增强剂-标基因关系.
主要方法:
- 在PHOX2B基因周围进行了一个聚合的CRISPR激活 (CRISPRa) 屏幕.
- 开发了TESLA-seq (向单细胞激活),将CRISPRa查与向单细胞RNA测序相结合.
主要成果:
- 确定了许多影响细胞生长的CRISPRa响应元件 (CaRE).
- TESLA-seq能够平行读取数百种增强剂对基因位置的所有基因的影响.
- 大多数确定的CaRE基因关系与神经母细胞瘤有关,但有些在其他组织中活跃.
结论:
- TESLA-seq是一个强大的工具,用于揭示高分辨率的基因调节网络.
- 该研究确定了影响神经母细胞瘤的新型调节元素和联系.
- 这些发现证明了TESLA-seq在发现实验系统之外活跃的基因调节边缘方面的实用性.
