在自发可可发酵过程中对微生物群体进行多平台的元基因组学表征
Joel Tigrero-Vaca1, Mirian Villavicencio-Vásquez1, Jonathan Coronel2
1Escuela Superior Politécnica del Litoral, ESPOL, Centro de Investigaciones Biotecnológicas del Ecuador (CIBE), Guayaquil, Ecuador.
Frontiers in bioengineering and biotechnology
|September 11, 2025
概括
这项研究探讨了纳米孔.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 食品科学 食品科学 食品科学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 可可发酵对于巧克力风味的发展至关重要.
- 微生物动力学是关键的,但传统上是以培养为基础和Illumina测序来研究的.
- 在现场测序用于监测可可发酵的潜力仍然未被探索.
研究的目的:
- 评估纳米孔的MinION测序在可可发酵过程中表征微生物群落的适用性.
- 为了将MinION测序与Illumina测序和基于培养的微生物分析方法进行比较.
- 为了研究在可可发酵中发现的微生物的功能作用.
主要方法:
- 在各种发酵时间点 (0-96小时) 收集了可可豆样本.
- 通过Illumina和Nanopore MinION平台提取和测序了总DNA.
- 微生物也被用传统的基于培养的技术分离出来.
主要成果:
- 在更高的分类层面 (序列,家族) 上,Illumina和MinION显示出类似的微生物组成.
- 在两种测序方法之间,在属和物种层面上观察到差异.
- 这三种方法都始终确定了主要的酵母,乳酸细菌和酸细菌物种.
- 功能分析揭示了细菌在代谢碳水化合物,氨基酸和二次代谢产物中的作用.
结论:
- 纳米孔MinION测序是一种可行的工具,用于监测可可发酵中的微生物动态.
- MinION提供了一种对已建立的微生物特征测序平台的补充方法.
- 这项研究是首次报告MinION在可可发酵微生物分析中的实用性.
