CLAE:一种高保真性纳米孔测序策略,用于读取级病毒变体检测和环境RNA病毒发现
Hannah Yu1,2,3, Sarah Golconda1,2,3, Ga-Eun Lee1,2,3,4
1Center for Retrovirus Research, The Ohio State University, Columbus, OH, 43210, USA.
Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
|September 11, 2025
概括
循环和线性片介导错误校正 (CLAE) 增强了牛津纳米孔技术的测序. 这种方法提高了长读测序的准确性和产量,使得精确的病原体检测和基因组恢复成为可能.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 高准确度的长读测序对于微生物和病原体分析至关重要.
- 牛津纳米孔技术 (ONT) 提供便携式实时测序,但在准确性,读长偏差和吞吐量方面面临挑战.
研究的目的:
- 引入循环和线性片介导错误校正 (CLAE),以克服当前ONT测序的局限性.
- 为了提高长DNA模板的纳米孔测序产量和精度.
主要方法:
- CLAE集成了毛结合,预循环,单链DNA线性化和基于尼克酶的脱枝.
- 它显著提高了长DNA模板的滚动循环放大 (RCA) 效率.
主要成果:
- 在高达27%的RCA读取中,CLAE实现了Q30级准确度.
- 它的吞吐量超过了每100个孔800 Mb,N50为15 Kb.
- CLAE成功地解决了SARS-CoV-2准物种,并恢复了新的RNA病毒基因组.
结论:
- CLAE建立了一个多功能,现场兼容的平台,用于高准确度的病毒基因组测序.
- 它扩大了ONT在元病毒学,流行病学和环境监测方面的实用性.
- CLAE可实现精确的变体检测,并纠正短读误组装.


