连续58次阿尔法卫星超级HOR在完整的猩猩Y染色体中

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 灵长类比较基因组学
• 中心海洋生物学

背景情况:

• 此前,猩猩的中间体曾经显示出类似拼接的α卫星高阶重复 (HOR) 阵列.
• 标准的HOR检测方法可能会错过复杂的,高度排序的结构.

研究的目的:

• 用一种新的算法,GRhor.来分析猩猩Y染色体的中间体.
• 识别和描述复杂的高阶重复结构 (HOR),特别是超级HOR.
• 为了在灵长类物种中比较Y中心体HORs.

主要方法:

• 开发和应用一种新的HOR检测算法,GRhor.hor.
• 分析完整的猩猩Y染色体中位素.
• 在猩猩,大猩猩和黑猩猩中对Y中间体进行比较分析.

主要成果:

• 在猩猩Y染色体中识别了一个58merα卫星超HOR阵列,包括67个HOR副本和46个高度相同的正规副本 (0.25%的分歧).
• 在猩猩Y染色体中发现第二个45mer级联超HOR阵列 (0.81%分歧).
• 在大猩猩中检测到一个级联的18米HOR,在黑猩猩中检测到一个维拉德型的28米HOR.
• 在其他猩猩染色体上识别额外的超级HOR (例如84mer,53mer,54mer,51mer,45mer).

结论:

• GRhor算法揭示了高度结构化的,特定于物种的高阶重复架构在中心分子中.
• 猩猩的Y染色体含有非常复杂的超级HOR数组,比以前已知的人类结构大得多.
• 这些发现对理解中心体进化和灵长类动物基因组学有意义.