对自然提取物库的基于质谱的代谢学可扩展性探索:当前状态,挑战和机会

科学领域:

• 自然产品研究自然产品研究
• 计算生物学 计算生物学
• 化学信息学 化学信息学

背景情况:

• 代谢学在自然产品 (NP) 研究中被广泛使用,但通常专注于单个化合物,限制可扩展性.
• 目前用于分析自然提取物库 (NEL) 数据的计算方法受到限制,阻碍了更广泛的见解.
• 在NP研究中的传统分子第一范式,由实际约束所塑造,需要重新评估.

研究的目的:

• 探索生物信息学和化学信息学工具的潜力,以促进自然提取物库 (NEL) 的探索.
• 挑战传统的分子第一范式,并提出一种计算方法来释放NELs的全部潜力.
• 为2025年之前的NEL勘探利用计算方法的未来研究提供一个愿景.

主要方法:

• 审查当前适用于天然产品研究的生物信息学和化学信息学工具.
• 分析传统的分子第一方法在处理大规模NEL数据方面的局限性.
• 讨论 NEL 探索的拟议计算范式转换.

主要成果:

• 生物信息学和化学信息学为加强对NEL的探索提供了巨大的潜力.
• 向计算方法的转变可以克服当前以代谢学为重点的NP研究的可扩展性限制.
• 拟议的计算策略可以从NEL中获得更广泛的见解,超越单个分子分析.

结论:

• 计算工具对于最大限度地提高自然提取物库的价值至关重要.
• 采用计算第一范式对于可扩展和全面的自然产品发现至关重要.
• 未来的研究应该专注于开发和实施NEL探索的先进计算策略.