为存储在知识图数据库中的网络创建交互式Web接口
John Erol Evangelista1, Andrew D Lutsky1, Anna I Byrd1
1Department of Pharmacological Sciences, Mount Sinai Center for Bioinformatics, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, New York.
我们开发了一个开源的知识图用户界面 (KG-UI),用生物医学数据创建交互式网站. 该工具允许研究人员轻松查询和可视化复杂的生物网络,提高数据可访问性和研究合作.
科学领域:
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
- 数据可视化 数据可视化
背景情况:
- 知识图 (KG) 将生物医学数据组织成相互连接的网络.
- 现有的KG数据库往往缺乏免费的,可定制的基于Web的用户界面 (UI).
- 这种限制阻碍了交互式数据探索和KG利用.
研究的目的:
- 为知识图数据库开发一个开源的,可定制的基于Web的UI.
- 促进创建交互式网站,用于查询和可视化KG数据.
- 展示KG-UI在生物信息项目中的应用.
主要方法:
- 开发了一个开源的知识图用户界面 (KG-UI).
- 将KG-UI应用于八个不同的生物信息学项目.
- 使用PubMed和赠款数据创建了一个主要研究员 (PI) 网络的演示KG.
- 为安装和定制提供了一步一步的用户指南.
主要成果:
- KG-UI成功地为八个生物信息学项目创建了交互式网站.
- 一个展示PI网络关系的KG演示成功构建并可用.
- 为KG-UI实现提供了详细的说明和源代码.
- 该KG-UI允许定制,以满足特定的研究需求.
结论:
- 开源的KG-UI为研究人员提供了有价值的,可访问的工具.
- 它提高了生物医学知识图的可用性和互动性.
- 该KG-UI促进数据共享和生物信息学领域的合作研究.
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