从血液中分离双RNA:一种针对宿主和细菌RNA净化的优化协议,用于在全血败血症样本中进行双RNA测序分析
Isabella Anna Joubert1,2,3, Christopher Mullally1,3,4, Edward Litton5,6
1School of Medical, Molecular and Forensic Sciences, Murdoch University, Perth, Australia.
Microbial genomics
|September 18, 2025
概括
一个新的双RNA从血液中分离 (DRIB) 协议使得双RNA测序用于败血症研究,从小量的血液中捕获宿主和细菌基因表达. 这种方法克服了研究系统性感染中的细菌毒性之前的局限性.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 双RNA测序 (双RNA-seq) 对于理解细菌毒性在诸如败血症之类的系统性感染中至关重要.
- 技术上的挑战,包括低细菌负载和有限的样本量,阻碍了双RNA-seq在败血症中,特别是在脆弱人群中.
研究的目的:
- 开发和验证一个优化的协议,双RNA从血液中分离 (DRIB),用于同时从低体积血液样本中分离宿主和细菌RNA.
- 为了使高通量双RNA测序能够在临床败血症中调查宿主细菌基因表达动态.
主要方法:
- 开发了DRIB协议,用于从0.5毫升全血中稳定,隔离和净化高质量的宿主白细胞和细菌RNA.
- 使用临床成年败血症样本验证DRIB,随后进行双种核糖体RNA (rRNA) 枯竭和RNA测序.
- 采用生物信息分析来评估宿主和细菌的转录模式.
主要成果:
- 通过DRIB协议,每个样本成功产生了2.10-6.91μg的总RNA.
- 每个样本的RNA测序产生了166-24.8万个过的读数,其中63%的测序映射到宿主或细菌序列.
- 分析确定了宿主和细菌反应中的共享和个体转录模式,包括免疫代谢和金属离子结合途径.
结论:
- 在临床败血症中,DRIB协议和RNA-seq管道有效捕获宿主和细菌RNA转录.
- 这种优化的方法克服了以前的局限性,以小样本量促进败血症研究.
- 未来扩展到更大的队列和各种疾病时间点将产生对宿主细菌基因共同表达在败血症进展中的关键见解.
