为Citrobacter freundii开发和验证核心基因组多部位序列类型化方案:用于疫情调查和对Citrobacter属的比较分析

科学领域:

• 微生物学与传染病的研究
• 基因组流行病学 基因组流行病学
• 公共卫生监督 公共卫生监督

背景情况:

• 菌Freundii是一种日益增长的医院病原体,与多种药物耐药性和医院疫情有关.
• 缺乏标准化的高分辨率打字方法阻碍了对菌种的流行病学分析.
• 环境水库越来越多地被认为是医疗保健机构中病原体传播的重要贡献者.

研究的目的:

• 为Citrobacter freundii和相关物种开发和验证强大的核心基因组多部位序列类型 (cgMLST) 方案.
• 实现高分辨率的基因组流行病学,以追踪多药耐药菌株并了解传播动态.
• 在临床和研究环境中提供标准化工具,用于准确的物种识别,疫情调查和感染预防.

主要方法:

• 使用825个全球基因组,为C. freundii开发一个3,250个位点的cgMLST计划.
• 为C. freundii,C. portucalensis,C. braakii和C. europaeus创建一个2,307个位置的cgMLST综合计划.
• 使用已公布的疫情数据和来自德国大学医院的环境/患者隔离物的验证.

主要成果:

• C. freundii cgMLST 方案显示了高的目标基因覆盖率 (中位数为 99.6%) 和强大的歧视力.
• 综合跨物种方案显示覆盖率≥99.7%,适用于跨物种爆发分析.
• 环境来源 (水槽,排水管) 被确定为可能的水库;患者间直接传播似乎很罕见.

结论:

• 开发的cgMLST计划是基因组监测,疫情调查和预防Citrobacter物种感染的宝贵工具.
• 环境查对于了解机会性医疗相关病原体的传播动态至关重要.
• 标准化打字在面对抗菌素耐药性和国际患者流动日益增加的情况下,增强了感染控制反应.