TCRscape:一个单细胞多原子TCR分析工具包
Roman Perik-Zavodskii1, Olga Perik-Zavodskaia1, Marina Volynets1
1Laboratory of Molecular Immunology, Federal State Budgetary Scientific Institution Research Institute of Fundamental and Clinical Immunology, Novosibirsk, Russia.
Frontiers in bioinformatics
|September 22, 2025
概括
TCRscape是一个新的工具,用于从单细胞多组数据分析T细胞受体 (TCR) 克隆类型. 它有助于识别抗原特异性T细胞,用于免疫疗法开发.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 计算生物学 计算生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 单细胞多组学通过使TCR序列,转录组和表面蛋白质同时分析,彻底改变了T细胞生物学.
- 鉴定抗原特异性T细胞对于推进基于TCR的免疫疗法至关重要.
研究的目的:
- 介绍TCRscape,一个开源的Python 3工具,用于高分辨率的T细胞受体克隆型的发现和量化.
- 为BD RhapsodyTM单细胞多omics数据优化TCRScape.
主要方法:
- 整合全长的TCR序列数据与基因表达和表面蛋白质配置文件.
- 能够实现αβ和γδT细胞群的多式聚类.
- 输出Seurat兼容矩阵用于下游分析.
主要成果:
- 快速识别主导T细胞克隆及其功能表型.
- 桥梁克隆型检测与免疫细胞转录组,蛋白质组和抗原特异性分析.
结论:
- TCRscape为免疫监测提供了一个强大的资源.
- 支持开发TCR工程疗法.
