了解和减轻环境mRNA污染对单细胞RNA测序分析的影响
Jantarika Kumar Arora1,2, Louisa K James1, Varodom Charoensawan2,3,4,5,6,7
1Centre for Immunobiology, Faculty of Medicine and Dentistry, Blizard Institute, Queen Mary University of London, London, England.
PloS one
|September 24, 2025
概括
在单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 中环境mRNA污染会扭曲结果. 纠正这些无细胞转录可以改善差异性基因表达和途径分析的准确性,以获得可靠的数据解释.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 基于滴滴的单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 易受环境mRNA污染的影响.
- 无细胞mRNAs可以扭曲转录组数据,影响下游分析,如差异基因表达和通路丰富.
- 对scRNA-seq数据的准确解释依赖于减轻这些污染效应.
研究的目的:
- 调查环境mRNA污染对差异基因表达 (DEG) 和生物通路丰富分析的影响.
- 在scRNA-seq数据中评估环境mRNA校正方法的有效性.
- 突出环境mRNA校正对于强大的scRNA-seq数据解释的重要性.
主要方法:
- 应用了两个独立的环境mRNA校正方法:CellBender和SoupX.
- 利用了两个不同的scRNA-seq数据集:来自登革热患者的外周血液单核细胞 (PBMC) 和人类胎儿肝脏组织.
- 分析了污染和纠正对DEG识别和路径丰富的影响.
主要成果:
- 在DEG中确定了环境mRNA转录,导致在校正之前虚假的路径识别.
- 校正方法降低了环境mRNA水平,改善了DEG识别.
- 校正后的分析揭示了特定于细胞亚群的生物学相关途径.
结论:
- 环境mRNA污染显著影响scRNA-seq分析,包括DEG和路径丰富.
- 实施适当的校正策略,如CellBender或SoupX,对于准确的scRNA-seq数据解释至关重要.
- 对环境mRNA污染进行校正,提高了基于滴滴的scRNA-seq研究结果的可靠性和稳定性.
