基因损失 DB:一个精心策划的数据库,用于哺乳动物的基因损失 - 类动物收藏
Gonçalo Espregueira Themudo1, Raquel Ruivo1, Raul Valente1
1CIIMAR/CIMAR LA, Interdisciplinary Centre of Marine and Environmental Research, University of Porto, Terminal de Cruzeiros do Porto de Leixões, Avenida General Norton de Matos, S/N 4450-208 Matosinhos, Portugal.
一个新的基因丢失数据库 (Gene Loss DB) 将对跨物种的二次基因丢失事件的精选数据集中. 该资源帮助进化生物学家组织有关基因失活机制的信息,并支持更容易发现和分析数据的证据.
科学领域:
- 进化生物学 进化生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 高质量的基因组组件正在增加,导致对二次基因丢失的更多研究.
- 现有的资源缺乏对已发表的二次基因丢失事件的精选,验证的数据.
- 需要有组织的,可搜索的数据库来促进进化模式的检测.
研究的目的:
- 引入基因损失数据库 (Gene Loss DB),这是一个用于二次基因损失数据的集中平台.
- 为生物学家提供一个易于搜索和用户友好的资源.
- 支持数据发现,进化模式分析和下游研究.
主要方法:
- 从出版物中手动策划和验证的二次基因丢失事件的汇编.
- 包括支持证据:推断的机制 (外/基因删除,突变),数据类型 (基因组,转录组) 和谱系共享.
- 数据库结构为搜索物种,基因,种类和基因本体学术语.
主要成果:
- 基因损失数据库 (Gene Loss DB) 现在可以在https://geneloss.org/.
- 最初发布的重点是类动物,包含57种物种1872个基因丢失事件.
- 另外还包括来自其他种群的1321个基因丢失事件.
结论:
- 基因丢失DB解决了对二次基因丢失事件的专门资源的需求.
- 该数据库有助于研究特定于血统的适应和进化过程.
- 它是实验和计算生物学家研究基因组进化的宝贵工具.
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