在人体组织中进行单细胞线粒体DNA基因型定型和克隆追踪的Cryo-mtscATAC-seq
Maren Salla1,2,3, Benedikt Obermayer4, Marie Cotta1,2,5
1Berlin Institute of Health at Charité Universitätsmedizin Berlin, Berlin, Germany.
bioRxiv : the preprint server for biology
|September 26, 2025
概括
一种新的方法,Cryo-mtscATAC-seq,允许在冷的人体组织中进行高通量克隆追踪. 这项技术以单细胞分辨率分析线粒体DNA (mtDNA) 突变,将克隆分析扩展到档案样本.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 细胞生物学 细胞生物学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 在人类样本中高通量克隆追踪使用体质线粒体DNA (mtDNA) 突变.
- 新鲜冷的标本是有价值的,但很难用于单细胞多组学.
- 现有的方法将克隆分析限制在新鲜组织上.
研究的目的:
- 开发一种在冷的人体样本中高通量克隆追踪的方法.
- 为了在档案标本中实现单细胞分辨率线粒体基因定型.
- 将这种方法应用于各种人类组织和疾病.
主要方法:
- Cryo-mtscATAC-seq:从冷样本中分离出具有线粒体的核.
- 单细胞ATAC-seq:分析染色质可访问性和mtDNA突变.
- Mitobender:用于减少环境mtDNA污染的计算工具.
主要成果:
- 应用Cryo-mtscATAC-seq到大脑,质母细胞瘤,神经母细胞瘤和大动脉.
- 在ALS中揭示了克隆性质生成和微质扩张.
- 在GBM复发和主动脉中的光滑肌肉细胞增殖中确定了持久的OPC类克隆.
- 在神经母细胞瘤化疗后检测到mtDNA深度异质性.
结论:
- Cryo-mtscATAC-seq可以在档案冷标本中进行mtDNA基因型鉴定.
- 该方法在各种人体组织类型中广泛适用.
- 扩大了对健康和疾病中的细胞状态信息克隆性的研究.
