介绍了基因关联测试的FixFRM包,并将其用于混合物暴露分析的创新应用
Xin Peng1, Haixin Feng1, Renhuizi Wei2
1Department of Epidemiology and Biostatistics, School of Public Health, Guangdong Medical University, Dongguan, 523808, Guangdong, China.
Scientific reports
|September 27, 2025
概括
新的FixFRM R包实现了基于基因的关联测试的基于功能回归的方法 (FRMs). 它可以分析复杂的特征和环境暴露,架构遗传学和环境影响查的理论和实践.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 生物统计学 生物统计学
- 环境健康 环境健康
背景情况:
- 基于功能回归的方法 (FRMs) 有助于识别与复杂特征和疾病相关的遗传变异.
- 现有的FRM缺乏可访问的软件,用于基因测试的实际应用.
研究的目的:
- 介绍FixFRM R包,实现基于基因的关联测试的FRM.
- 为定量和二分性特征分析提供统一的框架,具有灵活的遗传变异和影响估计选项.
- 在混合物暴露分析中展示FRM的应用.
主要方法:
- 开发了FixFRM R包,用于基因测试的FRM.
- 使用SNPassoc数据应用该包来识别与喘相关的基因.
- 与SKAT和SKAT-O. 的FRM性能进行比较.
- 在国家健康和营养检查调查数据上利用FRM进行混合物暴露分析,将暴露视为遗传变异.
主要成果:
- 该FixFRM包为定量和二分法特征提供了一个统一的框架.
- 在模拟中,FRM表现出可接受的性能.
- 在现实世界混合物曝光分析中,FRM给出了与加权量子素和回归相似的p值.
- 该包成功识别了与喘相关的基因.
结论:
- 该FixFRM包弥合了FRM理论与基于基因和混合物暴露分析的实际实施之间的差距.
- 它的用户友好的界面和全面的选项有助于有效选影响复杂特征的遗传和环境因素.
