滴滴数码PCR试验用于检测和定量葡萄树样本中的"候选植物" (Candidatus Phytoplasma solani)

科学领域:

• 植物病理学 植物病理学
• 分子诊断学 分子诊断
• 农业科学 农业科学

背景情况:

• 黑木 (BN) 病,由"Candidatus Phytoplasma solani"引起,对全球葡萄酒产量产生重大影响.
• 复杂的流行病学,包括多个宿主,载体和葡萄藤恢复,使疾病管理和检测复杂化.
• 准确而敏感的检测方法对于理解和控制BN至关重要.

研究的目的:

• 为了比较滴滴数字PCR (ddPCR) 和定量PCR (qPCR) 的诊断性能,以检测"Ca. 在葡萄藤中的P. solani'.
• 评估ddPCR在各种葡萄树组织和植物条件 (症状,恢复,无症状) 中的敏感性,稳定性和诊断准确性.

主要方法:

• 使用SYBR绿色化学开发和验证针对延长因子Tu (tuf) 基因的特定原料,用于ddPCR和qPCR测定.
• 使用序列稀释'Ca. 的 ddPCR 和 qPCR 灵敏度的比较. "P. solani"和葡萄树根样本的分析,这些样本中含有病原体.
• 来自50种植物的66个葡萄树样本的诊断测试,包括症状,恢复和无症状组织 (根和叶).

主要成果:

• 与qPCR相比,ddPCR试验的灵敏度大约是qPCR的10倍.
• ddPCR在葡萄树根样本中的PCR抑制没有影响,而qPCR显示抑制.
• ddPCR在检测"Ca.表现出卓越的诊断性能. 在症状和恢复植物的根,以及恢复植物的无症状叶组织中,与qPCR相比.
• ddPCR成功检测到了'Ca. 在40%的复原植物的叶样和20%的无症状植物的根样中发现P. solani'.
• 绝对量化"Ca. 的数量. 在复杂矩阵和低位数中使用ddPCR实现了P. solani'.

结论:

• ddPCR是一种高度敏感和强大的方法,用于早期和准确地检测'Ca. 在葡萄树中,P. solani'的表现优于传统的qPCR.
• ddPCR试验克服PCR抑制并检测低病原体负载的能力对于管理Bois noir疾病至关重要,特别是在已恢复或无症状的植物中.
• 这种先进的诊断工具有助于了解BN的复杂流行病学,并改进葡萄园管理策略.