OncoProExp:一个互动的闪亮的网络应用程序,用于全面的癌症蛋白质组和蛋白质组分析

科学领域:

• 蛋白质组学和生物信息学
• 癌症生物学 癌症生物学
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 基于质谱 (MS) 的蛋白质组学通过使大规模的蛋白质分析成为可能,彻底改变了癌症研究.
• 缺乏用于整合性分析的用户友好平台,阻碍了癌症研究中的高效数据探索,生物标志物发现和翻译洞察力.

研究的目的:

• 开发OncoProExp,一个互动的网络应用程序,用于全面的癌症蛋白质和蛋白质数据分析.
• 为数据预处理,可视化,微分表达,生存分析和预测建模提供强大的工作流.
• 通过诸如用户数据上传,途径丰富和药物相关性评估等功能来增强翻译效用.

主要方法:

• 开发了一个基于Shiny的交互式Web应用程序OncoProExp.
• 实施了数据预处理,PCA,层次聚类,热图和基因组丰富分析 (GSEA) 的工作流.
• 综合差异表达,生存分析,泛癌探索和预测模型 (SVM,随机森林,ANN) 与SHAP进行解释性.

主要成果:

• 在OncoProExp提供全面的工具,以进行深入的癌症蛋白质和蛋白质分析.
• 该应用程序通过差异表达分析促进生物标志物和治疗点的发现.
• 预测模型和SHAP提高了癌症分类和解释性,CPTAC数据集证明了这一点.

结论:

• 在OncoProExp提供了一个用户友好的,全面的平台,用于翻译癌症研究.
• 它集成了各种分析工具,用于探索蛋白质和蛋白质数据.
• 通过Docker自由访问和部署,OncoProExp支持研究人员的可扩展和灵活的集成.