肝细胞癌的空气污染相关的免疫基因预后签名:网络毒理学,机器学习和多omics分析

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 免疫学 免疫学 免疫学
• 环境健康 环境健康

背景情况:

• 空气污染在肝细胞癌 (HCC) 发展中的作用及其与免疫系统的相互作用尚未完全理解.
• 空气污染对HCC影响的确切机制和预后影响尚不清楚.

研究的目的:

• 使用与空气污染物相关的免疫基因 (APIG) 构建HCC的预后特征.
• 研究空气污染物,免疫基因和HCC预后之间的联系.

主要方法:

• 使用了来自HCC队列 (GEO,TCGA,ICGC) 的多omics数据 (mRNA-seq,scRNA).
• 通过权重基因共同表达网络分析 (WGCNA),差异表达和免疫透分析确定了APIG.
• 使用10个机器学习算法开发了一个预后签名 (APIGPS),并通过qRT-PCR,生存和免疫分析进行验证.

主要成果:

• 鉴定了19种APIG,并将HCC分为3个亚型,其中一个亚型显示出前瘤免疫微环境和不良预后.
• 一个7基因的APIGPS表现出强大的,独立的预测能力,用于HCC预后.
• 确定了中心基因CDC25C,将空气污染物与HCC联系起来,并显示了与多种癌症的存活率,MSI,TMB和免疫细胞丰度的关联.

结论:

• 确定了关键的APIG,并成功构建了一个可靠的基于APIG的HCC预后签名.
• CDC25C成为一个关键基因,调解空气污染物对HCC和其他癌症的影响.