在Alternanthera philoxeroides中塑料生长中的长非编码RNA的全基因组识别和功能预测
Ruiyi Qiu1, Qianqian Hu2, Wenbo Liu1
1State Key Laboratory of Wetland Conservation and Restoration, National Observations and Research Station for Wetland Ecosystems of the Yangtze Estuary, Ministry of Education Key Laboratory for Biodiversity Science and Ecological Engineering, and Institute of Eco-Chongming, Fudan University, Shanghai, China.
iScience
|September 29, 2025
概括
长非编码RNAs (lncRNAs) 调节植物适应环境变化的情况. 这项研究确定了A. philoxeroides*中关键的lncRNAs,它们通过影响植物激素平衡和光信号传递来调解潜水反应,这对塑料生长至关重要.
科学领域:
- 植物生物学 植物生物学
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
背景情况:
- 植物表现出表型的可塑性,以适应环境波动.
- 表观遗传机制,特别是长非编码RNA (lncRNAs),是这种可塑性的关键调节者.
研究的目的:
- 为了进行全基因组调查和功能预测的lncRNAs参与潜水诱导的塑性生长在*A. philoxeroides*.
- 阐明lncRNAs调解植物对潜水反应的分子机制.
主要方法:
- 长时间阅读的PacBio测序.
- 时间过程中的基因表达概况.
- 全基因组调查和 lncRNAs 的功能预测.
- 功能注释和验证 lncRNA 目标的功能注释和验证.
主要成果:
- 在A. philoxeroides*中确定了141个潜水反应的lncRNA.
- 预测这些lncRNA的cis和trans向基因.
- 证明了 *lncRNA14247*, *lncRNA13847* 和 *lncRNA12385* 在植物激素稳态和塑性发育中的作用.
- 揭示了*lncRNA13847*和*lncRNA7566*在通过光信号元件 (PIF) 调解潜水诱导的生长变化方面的潜在作用.
结论:
- 在A. philoxeroides*中的潜水反应中,lncRNAs起着重要的作用.
- 特定的lncRNAs是植物激素交叉和光信号通路的关键调节者,有助于表型可塑性.
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