TraceMetrix:一个可追溯的代谢学互动分析平台
Wei Chen1, Yanpeng An2, Ziru Chen3
1Bio-Med Big Data Center, Shanghai Institute of Nutrition and Health, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, 200031, China.
Journal of cheminformatics
|September 30, 2025
概括
TraceMetrix通过为数据分析提供交互式可追溯性来增强代谢学研究. 这种基于网络的平台通过在整个分析管道中跟踪数据,软件和参数来提高可重现性.
科学领域:
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
- 代谢学 代谢学 代谢学
背景情况:
- 代谢学数据分析面临着数据共享和透明度方面的挑战,阻碍了可重现性.
- 现有的生物信息学工具提供了部分解决方案,但要充分发挥潜力,需要简单和清晰.
研究的目的:
- 介绍TraceMetrix,一个基于Web的平台,用于在代谢学数据分析中的交互式可追溯性.
- 提高代谢学工作流程的可复制性和操作清晰度.
主要方法:
- 开发了一个基于Web的平台 (TraceMetrix),用于灵活的数据管理和跟踪.
- 在四个分析模块中记录了软件和参数:预处理,清洁,统计和功能分析.
- 绘制了19个分析函数的上游/下游关系,确保端到端的可追溯性.
主要成果:
- 使用非向的代谢学数据集证明了TraceMetrix的可追溯功能.
- 成功优化参数选择和复制分析过程.
- 验证了原始研究结果,证实了平台的有效性.
结论:
- TraceMetrix集成了数据,软件和过程可追溯性,显著提高了代谢学中的可复制性.
- 该平台支持各种应用程序,可免费使用.
- 通过高性能计算集群促进大规模数据集的高效批处理.


